Performanse četiri instalacije o pojačanosti nukleinskih kiselina za identifikaciju SAR-Cov-2 u Etiopiji

Hvala vam što ste posjetili prirodu.com. Koristite verziju preglednika sa ograničenom podrškom CSS-a. Za najbolje iskustvo, preporučujemo da koristite ažurirani preglednik (ili onemogućite režim kompatibilnosti u Internet Exploreru). Pored toga, kako bi se osigurala stalna podrška, prikazujemo web mjesto bez stilova i JavaScript-a.
Prikazuje vrhoprodaju tri tobogana odjednom. Upotrijebite prethodnu i sljedeću tipke za pomicanje kroz tri slajdove ili koristite gumbe klizače na kraju da biste se pomaknuli kroz tri slajdove odjednom.
Od izbijanja bolesti koronavirusa 2019. (CoviD-19), mnoge komercijalne testove pojačanja nukleinskih kiselina (NAAT) razvijene su širom svijeta i postali su standardni testovi. Iako je nekoliko testova brzo razvijeno i primijenjeno na laboratorijske dijagnostičke testove, obavljanje ovih testova nije ocijenjena u različitim postavkama. Stoga je ova studija imala za cilj procijeniti performanse Abbott SARS-COV-2, Daan Gene, BGI i CASENZE Biotech test koristeći kompozitni referentni standard (CRS). Studija je provedena na Etiopskom zavodu za javno zdravstvo (EPHI) od 1 do 30. decembra 2020. godine. 164 nazofaringealne uzorke izvučeni su pomoću Qiaamp RNA mini kompleta i sistema za pripremu uzoraka Abbott DNK. Od 164 uzoraka, 59,1% je bilo pozitivno, a 40,9% bilo je negativno za CRS. Pozivnost sa stolama bioteh bio je značajno nizak u odnosu na CRS (p <0,05). Pozivnost sa stolama bioteh bio je značajno nizak u odnosu na CRS (p <0,05). Položitel'nye rezul'taty Sansures Biotech byli ZNAČITELNO NIGE PO SOSAVNENIJU S CRS (p <0,05). Pozitivni rezultati za stanovanje biotech bili su značajno niži u odnosu na CRS (p <0,05).与 CRS 相比, Sansures Biotech 的阳性率显着较低 (p <0,05).与 CRS 相比, Sansures Biotech 的阳性率显着较低 (p <0,05). U Sansures Biotech bylo značiteljko me'šte položitel'nyh Rezul'Tov po susretnici s crs (p <0,05). Sansures Biotech imao je znatno manje pozitivnih rezultata u odnosu na CRS (p <0,05).Ukupni sporazum četiri analize iznosio je 96,3-100% u odnosu na CRS. Pored niske stope pozitivnosti, zasebne biotehničke testa, performanse četiri testa bila je gotovo uporediva. Kao takav, samostalni biotehničar [samo istraživanje (RUO)] zahtijeva dodatnu validaciju za njegovu upotrebu u Etiopiji. Konačno, treba uzeti u obzir dodatna istraživanja za procjenu ispitivanja s odgovarajućim tvrdnjama proizvođača.
Laboratorijsko testiranje dio je Svjetske zdravstvene organizacije (WHO) Strateški plan za spremnost i odgovor Coronavirus 2019 (CoviD-19) (SPRP). Ko savjetuje da zemlje trebaju izgraditi laboratorijsku sposobnost za poboljšanje spremnosti, pravilnog upravljanja predmetom, budnošću i brz odgovor na izazove javnog zdravlja. To sugeriše da je uloga laboratorija ključna za karakterizaciju bolesti i epidemiologije infektivnih agenata u nastajanju i kontrolu njihovog širenja.
Dijagnoza CoviD-19 zahtijeva epidemiološke i medicinske informacije, lične simptome / znakove i radiografske i laboratorijske podatke2. Budući da je izviještena iz CoviD-19 u Wuhan, Kini, širom svijeta razvijene mnoge testove pojačanja nukleinskih kiselina (NAAT). Realimerička reakcija obrnutog pretrage u stvarnom vremenu (RRT-PCR) koristi se kao rutinska i standardna metoda za laboratorijsku dijagnozu teškog akutnog respiratornog sindroma 2 (SARS-COV-2) 3 infekcije. Molekularno otkrivanje SARS-COV-2 obično se temelji na n (nukleokaksid proteinski gen), e (omotni proteinski gen) i RDRP (RNA ovisni o Polymerase Gene) gene u ORF1A / B (Otvoreni okvir za čitanje 1A / B). Gen) regija identificirana iz virusnog genogmena. Smatra se da su glavne očuvane regije koje se nalaze u virusnim genomima za prepoznavanje virusa4. Među tim genima, RDRP i E geni imaju visoku analitičku osjetljivost otkrivanja, dok N gen ima nisku analitičku osjetljivost5.
Performanse PCR testa mogu se razlikovati ovisno o različitim faktorima kao što su: reagensi za ekstrakciju, pojačani / otkrivanje reagensa, metoda ekstrakcije, kvalitet PCR uređaja i drugih instrumenata. Od 2020. aprila, više od 48 različitih dijagnostičkih uređaja iz devet zemalja dobilo je autorizaciju hitne pomoći (EUA) za CoviD-196 dijagnostiku. U Etiopiji se više od 14 PCR platformi u stvarnom vremenu koristi za otkrivanje PCR-a SARS-Cov-2 u 26 javnih zdravstvenih ustanova, uključujući ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 i Quant-Studio7. Pored toga, dostupni su različiti PCR testni setovi, kao što su Daan Gene test, Abbott SARS-Cov-2 test, sansures Biotech test i SARS-Cov-2 BGI test. Iako je RRT-PCR vrlo osjetljiv, neki pacijenti sa CoviD-19 izvještavaju o lažnim negativnim rezultatima zbog nedovoljnih kopija virusne ribonukleinske kiseline (RNA) u uzorcima zbog nepravilnog prikupljanja, transporta, skladištenja i rukovanja i laboratorijskog testiranja. uslovi i postupci osoblja8. Pored toga, uzorak ili kontrolu postavke praga ciklusa (CT) i unakrsna reaktivnost s drugim patogenim nukleinskim kiselinama ili neaktivnim / zaostalim SARS-Cov-2 RNA mogu dovesti do lažnih pozitivnih rezultata u RRT-PCR9 testavima. Stoga je jasno da PCR testovi mogu prepoznati prijevoznika fragmenata gena, jer ne mogu čak ni razlikovati istinski aktivne virusne gene, tako da testovi mogu identificirati samo prijevoznike, a ne pacijente10. Stoga je važno procijeniti dijagnostičke performanse pomoću standardnih metoda u našem okruženju. Iako su mnogi NAAT reagens dostupni na Etiopskom zavodu za javno zdravstvo (EPHI) i u cijeloj zemlji, još uvijek nije prijavljena uporedna evaluacija njihove efikasnosti. Stoga je ova studija imala za cilj procijeniti komparativne performanse komercijalno dostupnih kompleta za otkrivanje SARS-COV-2 RRT-PCR koristeći kliničke uzorke.
U ovu studiju uključene su ukupno 164 sudionika sa sumnjivim CoviD-19. Većina uzoraka bila je iz centara za liječenje (118/164 = 72%), dok su preostalih 46 (28%) sudionika bili iz nerednih centara. Među učesnicima koji se ne tretiraju u centru, 15 (9,1%) imali su klinički sumnjive slučajeve i 31 (18,9%) imalo je kontakte potvrđenih slučajeva. Devedeset i tri (56,7%) učesnika su bile muško, a srednja (± SD) starost sudionika bila je 31,10 (± 11,82) godina.
U ovoj studiji utvrđene su pozitivne i negativne stope četiri testova za Covid-19. Dakle, pozitivne stope ABBOTT SARS-Cov-2, Daan Gene 2019-ncov testa, Astay Sars-Cov-2 BGI i zasebljuju Biotech 2019-NCOV test bile su 59,1%, 58,5%, odnosno 55,9%. Pozitivni i negativni kompozitni referentni standard (CRS) bili su 97 (59,1%) i 67 (40,9%), odnosno (Tabela 1). U ovoj studiji definicija CRS-a temeljila se na "bilo kojem pozitivnom" pravilu, pri čemu su od četiri rezultata ispitivanja, dva ili više rezultata ispitivanja koji su dali isti rezultat smatrali istinskim ili negativnim.
U ovoj studiji našli smo negativan postotni sporazum (NPA) od 100% (95% CI 94.6-100) za sve analize u odnosu na CRS. SENSURES BIOTEHNOLOGOLOGIJSKA ANALIZA pokazala je minimalni PPA od 93,8% (95% CI 87.2-97.1), a AAN Daan Gene 2019-NCOV analiza imala je ukupni dogovor od 99,4% (95% CI 96.6-99.9). Suprotno tome, sveukupni sporazum između ASAY-a BGI-a SARS-COV-2 i zasebne Bioteh 2019-NCOV-a iznosio je 98,8%, odnosno 96,3% (Tabela 2).
Cohen-ov koeficijent sporazuma između CRS-a i Abbott SARS-Cov-2 Rezultati ispitivanja bili su u potpunosti konzistentni (K = 1,00). Slično tome, Cohenove vrijednosti Kappa otkrivene od strane Daan Gene 2019-NCOV, SARS-Cov-2 BGI i Sansures Biotech 2019-NCOV također su u potpunosti u skladu s CRS-om (k ≥ 0.925). U ovoj komparativnoj analizi test Chi-kvadrata (McNemar test) pokazao je da su rezultati ispitivanja za sigurnost Bioteh 2019-NCOV bili značajno različiti od CRS rezultata (P = 0.031) (Tabela 2).
Kao što je prikazano na Sl.1 Postotak najniže vrijednosti CT-a (<20 CT) ABBOTT SARS-COV-2 (kombinirani RDRP i N gen) bio je 87,6% i ORF1A / B Gene CT vrijednost zasebne za 2019. godinu. 1 Postotak najniže vrijednosti CT-a (<20 CT) ABBOTT SARS-COV-2 (kombinirani RDRP i N gen) bio je 87,6% i ORF1A / B Gene CT vrijednost zasebne za 2019. godinu.Kao što je prikazano na Sl.1, Procent naimen'šego značeniâ ct (<20 ct) Analiza Abbott Sars-Cov-2 (Kombiniranonyj Gen RdrP i n) Sostavil 87,6%, značenie ct gena ORF1A / B Analiza Sansures Biotech 2019-Ncov Pokazalo je da je procent nizkogo značeniâ CT (<20 ct) Sostavlâl 50,3%, a vysokoe značenie ct (36-40 ct) SOSTAVLÂLO 3,2%. 1, procenat najniže analize CT-a (<20 CT) (<20 CT) ABBOT-a RDRP i N) iznosila je 87,6%, a CT vrijednost ORF1A / B gena za analizu Sansures Biotech 2019-NCOV pokazala je da je procenat niske CT vrijednosti (<20 CT) za 50,3%, a CT (36-40 ct) 3,2%.如图 1 所示, Abbott SARS-Cov-2 检测 (结合 RDRP 和 n 基因) 的最低 CT 值百分比 (<20 ct) 为 87,6%, sansures biotech 2019-ncov 检测的 ORF1A / B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%, 高 CT 值 (36-40 ct) 的百分比为 3,2%. Kao što je prikazano na slici 1, najniži procenat vrijednosti CT-a (<20 ct) ABBOTT SARS-Cov-2 (kombinacija RDRP i N gena) je 87,6%, a gena ORF1A / B Gene 2019-NCOV prikazuje 50,3%, 高 CT 值 (36-40 CT) 的 postotak je 3,2%. Kak se pokazano na 1, analiz Abbott Sars-Cov-2 (Sočetaûщij geny rdrp i n) Imel sumoe nizkoe procentnoe značenie ct (<20 ct) v Razmere 87,6%, za ZNAČENIE CT GENA ORF1A / B V ISLESOVANINI SANSURE BIOTECH 2019- Analiz NCOV Pokazal Nizkij ct. Kao što je prikazano na slici 1, ABBOTT SARS-Cov-2 (kombinirajući RDRP i N gene) imao je najniže procenat CT vrednost (<20 CT) na 87,6%, dok je CT vrednost gena ORF1A / B u Sansures Biotech 2019 - analiza NCOV-a - analiza NCOV-a pokazala je nizak CT. Procent značenij (<20 ct) Sostavil 50,3%, a Procent vysokih značenij ct (36-40 ct) SOSTAVIL 3,2%. Postotak vrijednosti (<20 CT) bio je 50,3%, a postotak visokih CT vrijednosti (36-40 CT) iznosio je 3,2%.Test ABBOTT SARS-COV-2 B zabilježio je CT vrijednosti iznad 30. S druge strane, na Genskoj BGI SARS-Cov-2, ORF1A / B gen je imao visoku vrijednost CT (> 36 CT) iznosila je 4% (Sl. 1). S druge strane, na Genskoj BGI SARS-Cov-2, ORF1A / B gen je imao visoku vrijednost CT (> 36 CT) iznosila je 4% (Sl. 1). S Dr. S druge strane, u analizi BGI SARS-Cov-2 gena ORF1A / B imao je visoku vrijednost CT (> 36 CT), od kojih je postotak bio 4% (Sl. 1).另一方面, 在 BGI SARS-Cov-2 检测 中, ORF1A / B 基因具有高 CT 值 (> 36 CT) 的百分比为 4% (图 1). S druge strane, u otkrivanju BGI SARS-Cov-2, postotak ORF1A / B gena sa visokom CT vrijednošću (> 36 ct) je 4% (slika 1). S Drugoj storony, v Analize BGI SARS-Cov-2 Procent Genov ORF1A / B s vysokimi značeniâmi ct (> 36 ct) Sostavil 4% (Rig. 1). S druge strane, u analizi BGI SARS-Cov-2 postotak ORF1A / B gena sa visokim CT vrijednostima (> 36 ct) bio je 4% (Sl. 1).
U ovoj studiji uzeli smo 164 nazofaringealnih uzoraka. Za sve vrste ispitivanja, Izolacija i pojačanost RNA-e izvedena je pomoću metoda i kompleta koji preporučuju odgovarajući proizvođači.
Ova studija pokazala je da Abbottov test za SARS-Cov-2 ima iste performanse otkrivanja kao CRS, sa 100% pozitivnim, negativnim i ukupnim usklađenim saglasnostima. Cohenov sporazum Kappa iznosi 1,00, što ukazuje na potpuni dogovor sa CRS-om. Slična studija Univerziteta u Washingtonu u SAD-u utvrdila je da je ukupna osjetljivost i specifičnost ABBOTT testa za SAR-Cov-2 93%, odnosno 100%, u odnosu na laboratorijski utvrđeni test (LDA) CDC-a. 11. ABBOTT SARS-COV-2 sistem za otkrivanje zasnovan je na istovremenom kombiniranom otkrivanju gena N i RDRP, jer su oba gena osjetljivija, minimiziraju lažne negative12. Studija u Beču, Austrija je takođe pokazala da veliki ekstrakcija uzorak za uzorke i otkriti eluentne količine minimiziranih efekata razrjeđivanja i povećana efikasnost otkrivanja13. Dakle, Abbott-ova savršena utakmica za SARS-Cov-2 test može se povezati sa sistemom detekcije platforme koji istovremeno otkriva kombinatorni gene, izvlači veliki broj uzoraka (0,5 ml) i koristi veliku količinu električnog (40 μl).
Naši rezultati su također pokazali da je otkrivanje performansi genetskog testa daan-a gotovo isto kao i CRS. To je u skladu sa studijom14 provedenom na Univerzitetu Anhui u Huainanu, Kini i tvrdi proizvođača za 100% pozitivan sporazum. Uprkos izvještajima o dosljednim rezultatima, jedan uzorak je bio lažan negativan nakon ponovnog testiranja istog eluita, ali je bio pozitivan u Abbott SARS-COV-2 i zastojama. Ovo sugeriše da može postojati varijabilnost u rezultatima u različitim vrstama ispitivanja. Ipak, u studiji koja se vrši u Kini15, rezultat testa za Daan Gene bio je znatno drugačiji (p <0,05) u odnosu na njihov laboratorijski definirani referentni test. Ipak, u studiji koja se vrši u Kini15, rezultat testa za Daan Gene bio je znatno drugačiji (p <0,05) u odnosu na njihov laboratorijski definirani referentni test. Tem ne meneee, v izslavenii, prevedentom v Kita15, restoran analiza Daan Gene značiteljno otličallsâ (p <0,05) od ih Laboratorogo étalonnogo analiza. Međutim, u studiji u Kini15, rezultat analize Daan Gene bio je značajno različit (p <0,05) iz njihove laboratorijske referentne analize.然而, 在 中国进行的研究 中 15 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 (p <0,05).然而, 在 中国进行的研究 中 15 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Oznako u sistemima, prodavano u Kita15, Rezultati genetičesko prelaze daan značitel'no otličalis' (p <0,05) po Sravnaû s ego étalonnym laboratornym testom. Međutim, u studiji u Kini15 rezultati Daanovog genetskog testa bili su značajno različiti (p <0,05) u odnosu na njegov referentni laboratorijski test.Ovo odstupanje može biti zbog osjetljivosti referentnog testa za otkrivanje SARS-COV-2, a daljnje studije mogu biti važne za utvrđivanje uzroka.
Pored toga, naša studija ocijenila je komparativne performanse ASAY-a BGI-a SARS-COV-2, pokazujući odličan sporazum o pozitivnom postotku (PPA = 97,9%), negativan postotni sporazum (NPA = 100%) i ukupni procentni sporazum po spolu (OPA). ). = 98,8%). Cohen-ove vrijednosti Kappa pokazale su dobar dogovor (K = 0,975). Studije u Holandiji16 i Kina15 pokazale su dosljedne rezultate. SARS-COV-2 BGI test je jedan gen (ORF1A / B) test otkrivanja pomoću 10 μl pojačanja / detekcije eluate. Unatoč dobrom statističkom sporazumu sa našim referentnim rezultatima, analiza je propustila dva pozitivna uzoraka (1,22%) ukupnog uzorka. To može imati ogromne kliničke implikacije za dinamiku prijenosa na pacijentu i nivou zajednice.
Druga uporedna analiza uključena u ovu studiju bila je test Sansures Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Ukupni procenat meča bio je 96,3%. Snaga sporazuma utvrđena je i COHEN-ovom Kappa vrijednošću koja je iznosila 0,925, što ukazuje na potpuni dogovor sa CRS-om. Opet, naši rezultati su identični studijama koje su provedene na Centralnoj Južnom univerzitetu u Changsha, Kini, te na kliničkoj laboratorijskoj odjeljenju Liuzhou Narodne bolnice, Grad Liuzhou, Kina17. Iako je zabilježen gore navedena statistička koncentracija, Chi-kvadratni test (MacNemar test) pokazao je da je rezultat krivotvornog biotehničkog testa imao statistički značajnu razliku u odnosu na CRS (p <0,005). Iako je zabilježen gore navedena statistička koncentracija, Chi-kvadratni test (MacNemar test) pokazao je da je rezultat krivotvornog biotehničkog testa imao statistički značajnu razliku u odnosu na CRS (p <0,005). Nesmotrâ na to, Čtovanje Zafiksirano ukazanoe Vyše Horošee statističeskoe sootvetstva, Kriterij hi-kvadrat (Kriterij maknemara) Pokazala, Čto Rezultat analiza Sansures Biotech Imeet Stadistični značimi različi po srugnuniû s crs (p < 0,005). Iako je zabilježen dobar statistički sporazum, Chi-kvadratni test (McNemar test) pokazao je da je rezultat krivotvornog biotehnog testa imao statistički značajnu razliku u odnosu na CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性, 但卡方检验 (MacNemar 检验) 表明, Sansures Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 (p <0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性, 但 检验 ((MacNemar 检验 表明 ,, Sansures Biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 ((p <0,005 ...................))) Nesmotrâ na ometcennoe vyše horošee statističeskoe sootvetstva, Kriterij hi-kvadrat (Kriterij maknemara) Pokazal Stadistični značimûûûûuû (p <0,005) meždu analizam Sansures Biotech i CRS. Uprkos gore navedenom statističkom sporazumu, test Chi-Kvadrata (McNemar test) pokazao je statistički značajnu razliku (p <0,005) između razmaženih biotehničkih testa i CRS-a.Otkriveno je da je šest uzoraka (3,66%) lažni negativi u odnosu na CRS (dopunska tabela 1); Ovo je vrlo važno, posebno s obzirom na dinamiku prijenosa virusa. Gore navedeni podaci također podržavaju ovu malu brzinu otkrivanja15.
U ovom istraživanju utvrđene su vrijednosti CT-a za svaku test i odgovarajuću platformu, s najnižom srednjom CT vrijednošću u Abbott SARS-Cov-2 testavu. Ovaj rezultat može biti povezan sa Abbott-ovom simultanom kombiniranom genetskom testirnom sistemu za otkrivanje SARS-COV-2. Stoga je, prema slici 1, 87,6% rezultata ABBOT-a SARS-Cov-2 imala CT vrijednosti ispod 20. Samo mali broj rezultata uzoraka (12,4%) bio je u rasponu 20-30. CT vrijednosti iznad 30 nisu zabilježene. Pored ABBOTT-ove upotrebe Forma za genetsko testiranje SARS-COV-2, ovaj rezultat može biti povezan sa nižom granicom otkrivanja (32,5 RNA kopija / ml) 18, što je tri puta niže od donjeg ograničenja kompanije od 100 RNA kopija / ml. ml) 19.
Ova studija ima određena ograničenja: Prvo, nemamo standardne / referentne metode [poput virusnog opterećenja ili drugih laboratorijskih testova (LDA)] zbog nedostatka resursa. Drugo, svi uzorci koji se koriste u ovoj studiji bili su nasofaringealne briseve, dok rezultati nisu bili primjenjivi na druge vrste uzorka, a treće, naša veličina uzorka bila je mala.
Ova studija usporedila je na performanse četiri RRT-PCR testa za SAR-Cov-2 koristeći nasopharingeal uzorke. Svi testisi za otkrivanje imali su gotovo uporedive performanse, s izuzetkom krivota za biotehnike. Pored toga, niska stopa pozitivnosti identifikovana je u razmaku bioTech testa u odnosu na CRS (p <0,05). Pored toga, niska stopa pozitivnosti identifikovana je u razmaku bioTech testa u odnosu na CRS (p <0,05). Krome togo, v teste sansure biotech byl vyjavlen nizkij procent položitel'nyh rezul'tatov po suranskim s crs (p <0,05). Pored toga, Sansures Biotech test pokazao je nizak postotak pozitivnih rezultata u odnosu na CRS (p <0,05).此外, 与 crs 相比, sansures biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05).此外, 与 crs 相比, sansures biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05). Krome togo, analiz Sansures Biotech Imel Bolee Nizkij Urođen' Položitel'nyh Rezól'Tov po suvneniû s crs (p <0,05). Pored toga, čuvar biotehni test imao je nižu stopu pozitivnosti u odnosu na CRS (p <0,05).Sansures Biotech NCOV-2019 (REO) analiza PPA-a, NPA i ukupnog sporazuma prelazila je 93,5% sa kohenskom kappskom snagom dogovorne vrijednosti 0,925. Konačno, zasebljuje biotehni test (REO) trebaju daljnju validaciju za upotrebu u Etiopiji, a treba uzeti u obzir dodatna istraživanja za procjenu potraživanja od pojedinih proizvođača.
Uporedni studijski dizajn proveden je u četiri zdravstvena ustanova u Addisu Ababi, bolnici EKA Kotebe, Crkveni tretman Millennium, Memorijalske bolnice Zelaooditu, i specijalistička bolnica za tuberkulozu Svetog Petra. Podaci su prikupljeni između 1. i 31. decembra 2020. godine. Medicinski objekti za ovu studiju bili su namjerno izabrani na osnovu njihovog velikog broja slučajeva i dostupnosti velikih centara u gradu. Slično tome, instrumenti, uključujući PCR instrumente ABI 7500 i ABBOT-a M2000 u stvarnom vremenu, odabrani su prema preporukama proizvođača Naat reagensa, a za ovu studiju odabrani su četiri PCR kompleta za otkrivanje, jer su većina laboratorija u Etiopiji koristila najmanje najmanje četiri. Genski test, Abbott SARS-Cov-2 test, sansures Biotech test i SARS-Cov-2 BGI test izvedeni tokom studije).
Ispitivanje za SARS-COV-2 izvedeno je od 1 do 30. decembra 2020. godine koristeći 3 ml virusnog transportnog medija (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kina) od pojedinaca pod istragom za Covid-19 upućen na EPHI. Nasopharingeal uzorci prikupljeni su obučeni sakupljači uzorka i poslani u EPHI u trostrukim paketima. Prije izolacije nukleinske kiseline, svaki uzorak dodjeljuje se jedinstveni identifikacijski broj. Vađenje se izvodi iz svakog uzorka odmah po dolasku pomoću ručnih i automatskih metoda vađenja. Dakle, za automatsko vađenje ABBOTT M2000, 1,3 ml (uključujući 0,8 ml zapremine za ekstrakciju i uzorak uzorak) izvađen je iz uzorka iz uzorka i prolazi kroz Abbott DNK sistem za pripremu uzoraka (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, SAD). ) U cjelokupni postupak (NTC) u cjelokupnom procesu (NTC) u obliku (NTC) u obliku (NTC) kontrola (NTC) (NTC) (NTC) (NTC) (NTC) (NTC) (NTC) (NTC)) uključeno je u ukupni proces (pronalaženje i otkrivanje) dva kruga SARS-Cov-2 (EUA). Rudarstvo. Slično tome, za ručno vađenje koristite iste uzorke (za automatsko vađenje i otkrivanje). Dakle, tokom cijelog postupka, 140 μl uzoraka bile su alikvarene i izvlačene pomoću Qiaamp Viral RNA mini kompleta (Qiagen GmbH, Hilden, Njemačka) u serijama 24 (uključujući 20 uzoraka, dva kontrola ispitivanja i dva NTC) i dva NTC-a) preko devet krugova. Ručno izvučeni elue bili su pojačani i otkriveni koristeći Termalni biciklizam ABI 7500 koristeći SAR-Cov-2 BGI testa, Daan Gene Assay i Sansures Biotech test.
Automatizirana izolacija i pročišćavanje SARS-COV-2 virusne RNA slijede magnetni princip perle koristeći ABBOTT DNK reagense za pripremu uzoraka. Inaktivacija uzoraka i rješavanje virusnih čestica vrši se pomoću deterdženta koji sadrži gunidin izoticijanat za denatura proteina i inaktiviraju Rnase. RNA se zatim odvaja od proteina odvajanjem solijskog faza pomoću silika, tj. Guanidinium sol i alkalne pH pufera liza promoviraju obvezujući nukleinske kiseline u silicijum (SIO2). Korak ispiranja uklanja preostale proteine ​​i krhotine za proizvodnju jasnog rješenja. Transparentna RNA izolirana je iz mikročestica na bazi silika koji koriste magnetni polje instrumenta20,21. S druge strane, ručna izolacija i pročišćavanje RNA vrši se metodom spin-stupca pomoću centrifugiranja umjesto magnetnog štanda i odvajanja mikročestica iz eluentnog.
Ispitivanje otkrivanja RAZREDA SARS-COV-2. SARS-TAV-2. (Abbott Molecular, Inc.) izveden je prema uputama proizvođača koje su primile EUA19,22 od THO i FDA. U ovom protokolu, uzorak inaktivacija prije vađenja izvedena je u vodenoj kupelji na 56 ° C za 30 min. Nakon inaktivacije virusa, ekstrakcija nukleinske kiseline izvedena je na instrumentu ABBOTT M2000 SP od 0,5 ml VTM koristeći ABBOTT M2000 DNK uzorak uzoraka. prema proizvođaču. Pojačanje i otkrivanje izvršeno je pomoću ABBOTT M2000 RT-PCR instrumenta, a dvostruko otkrivanje izvedeno je za RDRP i n gene. ROX) i VIC P (vlasnički boja) za ciljanje i otkrivanje unutrašnjih kontrola, omogućavajući istovremeno otkrivanje obje proizvode pojačanja 19.
Način otkrivanja pojačanja ovog kompleta temelji se na jednom koraku RT-PCR tehnologije. ORF1A / B i N geni su odabrani kao sačuvani regioni Daan Gene tehnologija za otkrivanje ciljanog pojačanja regije. Specifični temelji i fluorescentne sonde (n genske sonde označene sa FAM-om, ORF1A / B sonde označene s VIC) dizajnirani su za otkrivanje SARS-Cov-2 RNA u uzorcima. Konačni električni i glavni mješavine pripremljeni su dodavanjem 5 μl eluentnih na 20 μl glavnog mješavine na konačni obim od 25 μl. Pojačanje i otkrivanje izvedene su istovremeno na ABI 750024 PCR instrumentu u stvarnom vremenu.
ORF1A / B i N geni otkriveni su korištenjem dijagnostičkog kompleta nukleine kiseline sansure biotech ncov-2019 (fluorescentna PCR detekcija). Pripremite posebne sonde za svaki ciljni gen odabirom FAM kanala za ORF1A / B region i ROX kanal za N gen. Na ovaj testni komplet, eluelni i glavni miks reagensi dodaju se na sljedeći način: Pripremite 30 μl master miks reagens i 20 μL Eluite uzorak za otkrivanje / pojačanje. Za pojačavanje / otkrivanje koristi se PCR Abi 750025 u stvarnom vremenu.
SARS-COV-2 BGI test je fluorescentni RRT-PCR komplet za realnu vremenu za dijagnozu Covid-19. Ciljna regija nalazi se u regiji ORF1a / B sars-Cov-2, što je jedinstvena metoda otkrivanja gena. Pored toga, ljudski domaćin Gene β-actin je interno regulirani ciljni gen. Glavna mješavina priprema se miješanjem 20 μl glavnog miks reagensa i 10 μl izdvojenog RNA uzorka u dobrom ploči26. Za pojačavanje i otkrivanje koristi se Fluorescentni kvantitativni PCR instrument u stvarnom vremenu koristio se za pojačanje i otkrivanje. Sva pojačanja nukleinske kiseline, PCR upravljaju uslovima za svaki test, a tumačenje rezultata izvedeno je u skladu sa odgovarajućim uputama proizvođača (Tabela 3).
U ovoj komparativnoj analizi nismo koristili referentnu metodu za određivanje postotnog sporazuma (pozitivne, negativne i ukupne) i druge parametre u odnosu na četiri analize. Svaka upoređivanje testiranja učinjena je CRS-om, CRS je postavio pravilo "bilo koji pozitivan", a rezultat je utvrđen, a ne jedan test, koristili smo najmanje dva podudarna rezultata ispitivanja. Pored toga, u slučaju HID-19 prenosa, lažni negativni rezultati su opasniji od lažnih pozitivnih rezultata. Stoga, da kažem "pozitivno" što je moguće tačnije iz CRS-a, barem dva testa ispitivanja moraju biti pozitivna, što znači da će barem jedan pozitivni rezultat vjerovatno doći iz testaha EUA. Dakle, od četiri rezultata ispitivanja, dva ili više rezultata ispitivanja koji daju isti rezultat smatraju se istinskim pozitivnim ili negativnim18,27.
Podaci su prikupljeni koristeći strukturirane obrasce za vađenje podataka, unos i analiza podataka izvršeni su pomoću Excel Statističkog softvera i SPSS verzije 23.0 za opisnu statistiku. Analizirani su pozitivni, negativni i ukupni postotni sporazum, a kappa je korištena za utvrđivanje stupnja dogovora svake metode sa CRS-om. Kappa vrijednosti se tumače: 0,01 do 0,20 za blagi sporazum, 0,21 do 0,40 za opći ugovor, 0.41-0.60 za umjereni sporazum, 0,61-0,80 za veliki dogovor i 0,81-0,99 za potpuni dogovor28.
Etički zazor je dobiven sa Univerziteta u Addis Ababi i svi eksperimentalni protokoli za ovu studiju odobrio je naučni izvod za reviziju Etiopijskog instituta za javno zdravstvo. Referentni broj za licencu EPHI etike je EPHI / IRB-279-2020. Sve metode su primijenjene u skladu s preporukama i odredbama etiopske nacionalne sveobuhvatne smjernice za liječenje HID-19. Pored toga, pismeni informirani pristanak dobiven je od svih učesnika studija prije sudjelovanja u studiji.
Svi podaci dobiveni ili analizirani u ovoj studiji uključeni su u ovaj objavljeni članak. Podaci koji podržavaju rezultate ove studije dostupni su od odgovarajućeg autora po razumnom zahtjevu.
Svjetska zdravstvena organizacija. Preporuke za laboratorijske strategije ispitivanja za CoviD-19: Privremene usmjeravanje, 21. marta 2020. godine. Tko / 2019-NCOV / Lab_testing / 2020.1 (Tko, 2020).
Mouriou, DS, Pantazopoulos, I. i Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnoze u odjelu za hitne slučajeve: All-in u praksi. Mouriou, DS, Pantazopoulos, I. i Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnoze u odjelu za hitne slučajeve: All-in u praksi.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. i Gurgulianis, KI Inteligentna dijagnoza CoviD-19 u odjelu za hitne slučajeve: sve u praksi.Muliou DS, Pantazopoulos I. i Gurgulyanis KI Inteligentna dijagnoza Covid-19 u hitnim odjeljenjima: krajnje integraciju u praksi. Stručni velečasni respirator. lijek. 3, 263-272 (2022).
Mitchell, SL & ST George, K. Procjena HID19 ID-a sada EUA test. Mitchell, SL & ST George, K. Procjena HID19 ID-a sada EUA test.Mitchell, SL i St. George, K. Procjena HID19 ID-a sada EUA.Mitchell SL i St. George K. Procjena CoviD19 ID-a sada EUA test. J. Klinička. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/J.jcv.2020.104429 (2020).
SZO. Laboratorijska otkrivanja koronavirus bolesti 2019. (CoviD-19) u sumnjivoj ljudskoj bolesti. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (pristupljeno 15. avgusta 2020.) (WHO, 2020).
Udugama, B. i dr. CoviD-19 Dijagnoza: bolesti i alati za testiranje. ACS Nano 14 (4), 3822-3835 (2020).
Syed S. et al. Uspostavljanje fakulteta patologa istočne, centralne i južne Afrike - Regionalna škola patologije Bliskog Istoka i Južne Afrike. Afrika. J. Lab. lijek. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopski institut za javno zdravstvo, Federalno ministarstvo zdravlja. Privremena nacionalna strategija i smjernice za laboratorijsku dijagnozu CoviD-19. https://ephi.gov.et/images/nevel_coronavirus/efi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (pristupljeno 12. avgusta 2020.) (EPHI, 2020.).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kao lažni negativni testovi za izazove i implikacije SAR-Cov-2 2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kao lažni negativni testovi za izazove i implikacije SAR-Cov-2 2.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim kao lažno-negativni testovi za SARS-Cov-2 infekcije i njihove posljedice.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim kao lažno-negativni testovi za provokaciju i utjecaj SARS-Cov-2 infekcije. N. Eng. J. Medicina. 383 (6), E38 (2020).
Mouriou, DS & Gourgoulianis, KI lažno-pozitivno i lažno-negativno ivisko-19 slučajeva: Strategije disajnog prevencije, vakcinacije i daljnje perspektive. Mouriou, DS & Gourgoulianis, KI lažno-pozitivno i lažno-negativno ivisko-19 slučajeva: Strategije disajnog prevencije, vakcinacije i daljnje perspektive. Mouliou, DS & Gourgoulinis, Ki Ložnoolzijski slučai Covid-19: Respiratorna profilaktika i strana lečeniâ, Vakcinacija i Dal'nejšie perspektivy. Mouriou, DS & Gourgoulianis, KI Lažni pozitivni i lažni negativni slučajevi HID-19: Strategije disajnog prevencije i liječenja, vakcinacija i put naprijed.Muliu, DS i Gurgulianis, KI lažno-pozitivni i lažni negativni slučajevi HID-19: Strategije za disanje prevencije i liječenje, vakcinacija i put naprijed. Stručni velečasni respirator. lijek. 15 (8), 993-1002 (2021).
Mouriou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Covid-19 Dijagnoza u odjelu za hitne slučajeve: vidjeti drvo, ali izgubivši šumu. Mouriou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Covid-19 Dijagnoza u odjelu za hitne slučajeve: vidjeti drvo, ali izgubivši šumu.Mouriou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Covid-19 Dijagnoza u odjelu za hitne slučajeve: pogledajte drvo, izgubi šumu.Muliou DS, Ioannis P. i Konstantinos G. Covid-19 Dijagnoza u hitnim sobama: Nije dovoljno šuma za drveće. Pojavljuju se. lijek. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validacija i validacija analitičke i kliničke performanse Abbott Realtime SARS-Cov-2 testa. J. Klinička. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/J.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, Hr, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Poređenje pet temeljnih setova iz različitih genoma regije Covid-19 za otkrivanje virusne infekcije konvencionalnim RT-PCR. Mollaei, Hr, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Poređenje pet temeljnih skupova iz različitih genoma regiona Covid-19 za otkrivanje virusne infekcije konvencionalnim RT-PCR-om.Mollaei, Hr, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatunyan, B. Poređenje pet skupova temeljnih pripravnika iz različitih regiona Okvirnog gena za otkrivanje virusne infekcije konvencionalnim RT-PCR-om. Mollaei, Hr, Afshar, AA, Kalantar-Neystanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组, 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, Hr, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Poređenje 5 različitih genetskih regija Covid-19 za otkrivanje virusne infekcije konvencionalnim RT-PCR.Mollaei Hr, Afshar AA, Kalantar-Neystanaki D, Fazlalipour M. i Aflatunyan B. Poređenje pet skupova temeljnih pripravnika iz različitih regija Okvirnog gena za otkrivanje virusne infekcije konvencionalnim RT-PCR-om.Iran. J. Mikrobiologija. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. i dr. Preliminarni rezultati Nacionalnog programa za otkrivanje vanjske kvalitete za otkrivanje SARS-Cov-2 genoma genoma. J. Klinička. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/J.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. i dr. Analitička evaluacija efikasnosti pet RT-PCR kompleta za teški akutni respiratorni sindrom Coronavirus 2. J. Klinička. Laboratorija. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluacija sedam komercijalno dostupnih kompleta za otkrivanje RNA u Kini na osnovu lančane reakcije polimeraze u stvarnom vremenu (PCR). Klinička. Hemikalija. Laboratorija. lijek. 58 (9), E149-E153 (2020).
Van CASTER, PB i dr. Poređenje sedam komercijalnih RT-PCR CoviD-19 dijagnostičkih setova. J. Klinička. Virus. 128, 104412 (2020).
LU, YU, i dr. Usporedba dijagnostičkih performansi dva PCR kompleta za otkrivanje nukleinskih kiselina SAR-Cov-2. J. Klinička. Laboratorija. anus. 34 (10), E23554 (2020).
LefART, PR, itd. Uporedna studija od četiri SARS-cov-2 testiranje pojačanja kiseline (NAAT) platforme pokazale su da je ID sada učinak značajno degradiran ovisno o pacijentu i vrsti uzorka. Dijagnoza. mikrobiologija. Inficirati. DIST. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekula. ABBOTT u stvarnom vremenu SARS-COV-2 Analiza paketa. https://www.molecular.abott/us/hr/products/infection-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Od 10. avgusta 2020.) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 Izolacija RNA pomoću magnetnih perlica za brzu detekciju velikih razmjera RT-QPCR i RT-lampica. Virus 12 (8), 863 (2020).